立憲民主党は２日の衆院予算委員会で、日本学術会議問題を集中的に取り上げた。菅義偉首相がかつて関与した「更迭人事」の理由を著書で明らかにしているにもかかわらず、今回の任命拒否については口を閉ざしていることなどを追及。首相は繰り返しやかわす答弁が目立ち、防戦一方となった。
「首相の著書『政治家の覚悟』では、総務省のＮＨＫ担当課長をなぜ更迭したか書いてある」。立憲の今井雅人氏は、首相が任命拒否の理由について「個別の人事に関わる」として、説明を避けていることとの整合性をただした。
首相は「ＮＨＫ改革をやると宣言して総務相をしていた。その政策に反対したからだ。今回の任命権とは全く違う」と強調。今井氏は納得せず、「公務員の個別の人事を（著書で）話している」と畳み掛けると、首相は「（教授らの）公務員への任命と、既に公務員である人の人事異動は異なる」と反論した。
首相は、会員の構成が旧帝大の７国立大に偏り、若手や民間人が少ないことも問題にしている。これに対し、今井氏は任命拒否された６人について、私立大所属が３人で最も若い人は５３歳だと指摘。私大関係者や「若手」を除外したのは言行不一致だと疑問視した。
首相はこれにも真っ向から答えず、「現在の会員のうち４９歳以下は３％に過ぎず、若手研究者が十分いるという状況じゃない」とかわし、「会議から推薦された方々がそのまま任命された前例を踏襲していいのか」と従来の主張を繰り返した。
首相はまた、「官房長官の時から学術会議にさまざまな懸念を持っていた」と強調する一方、推薦名簿は「見ていない」と重ねて説明。加藤陽子東京大教授以外の５人の研究内容や業績は知らず、著書も読んだことがないと明かした。
首相にとって一問一答形式の予算委は初めてで、４人の立憲議員が過去の政府答弁とのずれを含め詳細に詰めた。しかし、応答要領がない質問をされると首相は的確に答えられず、やりとりがかみ合わない質疑が多かった。首相がすぐに答弁に立たず、秘書官がメモを差し入れたり、加藤勝信官房長官が「助太刀」に入ったりする場面もあり、審議はたびたび紛糾した。
予算委後、立憲の辻元清美副代表は記者団に「答弁が支離滅裂で論理破綻している」と批判。共産党の小池晃書記局長は記者会見で「答弁を門前払いにする姿勢は、国会と国民を愚弄（ぐろう）する態度だ」と憤った。
