菅内閣の発足に伴い、安倍前首相の側近で「官邸官僚」とも呼ばれた経済産業省出身の今井尚哉首相補佐官兼首相秘書官、佐伯耕三首相秘書官、長谷川栄一内閣広報官がそろって退任した。
３氏は、新型コロナウイルス対策や、外交を含む政権運営全般に影響力があったとされる。
事務方トップの杉田和博官房副長官と、国土交通省出身で菅首相の「懐刀」とされる和泉洋人首相補佐官は再任された。外交・安全保障政策の継続性の観点から、北村滋国家安全保障局長も続投となった。
内閣広報官には、総務省出身で安倍首相秘書官を務めたことのある山田真貴子氏を起用した。
一方、安倍内閣で５人だった事務の首相秘書官は６人に増やし、新たに厚生労働省から起用した。新型コロナ対策などにあたらせる狙いがある。
