自民党総裁選で菅義偉官房長官優位の流れが早々にできた背景には、安倍晋三首相が辞任表明当日に漏らした一言があった。この一言が出馬に向けて菅氏の背中を押し、大半の派閥が菅氏に雪崩を打つきっかけになったとの見方は強い。菅氏が後継に選ばれれば、首相は次期政権でも一定の発言力を維持する可能性がある。
「次は菅さんに任せたい」。任期途中で職を辞すると表明した先月２８日、首相は周辺にこう明言した。「自分が言わなくても、菅さんの出馬を求める声が出るだろう」とも語った。
政権批判を続ける石破茂元幹事長の後継阻止を目指す首相は、岸田文雄政調会長に禅譲するシナリオを長く温め、こうした意向を岸田氏に伝えてきた。しかし、岸田氏待望論は党内外で一向に高まらず、首相は辞任表明の前から「岸田さんで大丈夫か」「勝てるなら菅さんでもいい」と漏らすようになっていた。
首相は３１日、岸田氏と首相官邸で面会。総裁選での支援を求めた岸田氏に対し、「自分から個別の名前を挙げるのは控えている」として、岸田氏への「後継指名」はできなくなったと伝えた。
首相の意中の人は菅氏との一言は党内にじわりと広がり、首相による「事実上の後継指名」（ベテラン議員）との認識が醸成されていった。
菅氏は出馬の判断について「誰にも相談していない」と説明している。だが、関係筋によると、首相の意向は遅くとも２９日には菅氏に伝わっており、菅氏は同日に二階俊博幹事長と会談、出馬の考えを伝えた。二階派が菅氏支持の方針を３０日にいち早く固めたのは「首相の意向を側聞し判断したのではないか」（党関係者）との見方がある。
首相の出身派閥の細田派は３１日に仲介者を介して首相の意向を伝えられ、菅氏支持を打ち出した。
首相の盟友である麻生派の麻生太郎会長は２８日の辞任表明当日、官邸で首相と約３０分間会談している。３０日に岸田氏と面会した際、麻生氏は「首相の考えは大事だ」として、首相からの支持獲得が支持の条件だと通告。３１日に岸田氏が空振りに終わったことを確認すると、菅氏を一致して推すよう派内に指示した。
首相の説明によれば、辞任の直接の理由は持病の潰瘍性大腸炎の再発だ。ただ、内閣支持率が過去最低レベルに落ち込むなど、政権運営が行き詰まっていたことが首相の気力をそいだとの見方も根強い。首相周辺は「さまざまな批判がやまず、首相は精神的にまいっていた」と明かす。
一方、辞任表明後、内閣支持率は大きく改善した。自民党の閣僚経験者は「首相の影響力はまだまだ大きい。菅氏が勝利すれば、人事についても首相に相談せざるを得ないだろう」と語った。
