しかし、その後、このうち1件の文書にもともと添付されていた1枚紙のメモが、3年前の平成27年6月に原本から削除されていたことが、新たにわかったということで、財務省は13日夕方、参議院予算委員会の理事などに説明しました。このメモには近畿財務局が国有地を貸し付ける契約について財務省本省と相談していることがわかる内容が書かれていて、森友学園の籠池前理事長が近畿財務局に決裁文書の開示を求めて情報公開請求を行った際に削られた可能性があるということです。
一部の理事に行った説明によりますと、籠池前理事長が本省に直接掛け合うことを心配した近畿財務局の判断で削除したとみられるということです。財務省本省は関わっていないということです。財務省はこれまで決裁文書の書き換えについて、本省理財局の指示で去年2月下旬から4月にかけて行われたとしています。しかし、新たに明らかになったメモの削除は、それより前に近畿財務局が独自の判断で行っていたことになります。
開示すれば不都合になると考えた公文書を意図的に削除するなどの書き換え・改ざん行為が以前から行われていた疑いが浮かび上がったことで、今後、問題がさらに深刻化することが予想されます。